WMSEの特徴としてあげられる点として一番の注目点はやはり、一部ハイエンド機から採用されたVGA表示対応ではないかと思います。
ただ、このVGA対応というのがなかなか特殊な代物で、パッと見は従来と変わらない表示のされ方で、VGA表示に対応したアプリケーションだけがVGA表示されるような仕組みになっています。
そのため、現状ではこのVGA表示、一部対応アプリケーションのみ生かされているような状態で、非対応のアプリケーションについては相変わらずQVGAと同じような表示がされています。
これについて有志の方々が色々と対処方法や便利なアプリケーションを開発してくれていますので、それらをまとめておきたいと思います。

VGA化は大別して二つ

VGA化の方法は大別すると二つに分かれます。
アプリケーション毎にVGA化するかどうか選択する方法と、システムごとVGA化する方法です。

アプリケーション毎にVGA化する

アプリケーション毎にVGA化するかどうか選択する方法は、OSに対してアプリケーションをVGA対応に見せかける方法だといえます。いわば疑似的ながらアプリケーション側でVGA対応してしまうわけですから、恐らくこの方法での表示のされ方が、MSの望んだVGA表示のされ方に近いのだろうと思います。
この方法の利点としては、Today画面やシステム表示などはそのままに、自分が望むアプリケーションのみをVGA表示させることが出来る、という点です。たとえばシステム等までVGA化してしまうと文字が見にくくて大変だけど、NetfrontなどはVGA表示にしたい、というような時に重宝します。
この方法はホーミンさんが公開しているForcehiresを利用する。SKさんが公開しているskSSV415を利用する。ResourceHackerなどを利用して、必要なりソースを手動で追加する。などで実現することが可能です。（なお、現在ForceHiresの1.10ではe800を2003SEにアップグレードしたもの以外では動作確認が取れていないようです。hx4700やPocketLOOXではフリーズ→フルリセットとなる不具合も報告されているので、今後のバージョンアップに期待したいと思います）
不都合な点をあげるとすれば、そもそもMSのVGA表示がちょっといまいちなので、その問題をそのまま被る、という点でしょうか。
一番の問題点は、恐らく上下のバーが太すぎてその分表示スペースが減ってしまってもったいない、という点だと思います。

Forcehiresを使ってVGA化する

こちらはVGA化したいアプリケーションだけ選んでVGA表示するツールです。
まずこちらからForce Hi-resolution tool とgsGetFile.dllファイルをダウンロードしてきて解凍。ForceHires.dllとgsgetfile.dllをwindowsフォルダにコピーします。

そうするとスタート→設定→システムにForceHiresのアイコンが表示されます。

タップすると設定画面が表示されます。Hi-Resolutionbelowにチェックを入れ、Addをタップします。

VGA化したいアプリケーションを選択します。

こういう感じで選択したアプリケーションがVGA化されます。

以上でハイレゾ化の作業は終了です。
手軽に選択でVGA化出来るので便利ですね。 exeファイルを書き換えないので手軽に試せるのが良いですね。

ResourceHackerを使ってアプリケーションにVGA対応のリソースを追加する

こちらは手順としては比較的簡単です。
詳しい手順などはtk-blogさんに掲載されていますので、そちらもご確認下さい。
まずこちらからResourceHackerをダウンロードして解凍しておきます。Japaneseがお勧めです。

下準備

実際の作業にはいる前に以下の下準備が必要です。

１．tk109さんのところからHires.zipをダウンロードしてきて解凍しておく。
２．PocketPCからVGA化したいプログラムのexeファイルをPCにコピーしておく。

以上で準備は完了です。

ResHacker.exeを起動。コピーしてきたexeファイルをResHackerで開きます。

まずリソースの言語を確認します。ResHackerの左ウィンドウのフォルダを適当に開いていくと花のマークみたいなアイコンが表示されます。そこに書かれている数字がリソースの言語になります。下の写真の場合は1041です。

アクション→新しいリソースを追加するを選択し、先ほどダウンロードしてきたHires.zip内のHires.binファイルを指定します。

リソースの種類にはCEUX、リソース名にはHI_RES_AWAREと入力し、リソースの言語には先ほど調べた数値、今回は1041を入力し、リソースを追加するをクリックします。

CEUX\HI_RES_AWARE\1041というツリーが作成され、その値（右側ウィンドウ）の最後が01となっていればリソース追加は成功です。

ファイル→保存するで保存すれば終了です。

アプリケーションをPocketPCに戻せばVGA表示されるはずです。

アプリケーション名に_originalという文字列が付いたファイルも作成されますが、こちらがリソース追加前のファイルになります。不具合がでたらこちらのファイルと差し替えましょう。

この方法の良いところは、自動でバックアップが取れると言うことと、手作業で確実にリソース追加が行えると言うことです。
tAgendaの場合、導入後はVGA表示に対応していないため以下のように表示されますが・・・

tAgenda.dllをコピーしてリソースを追加してやると以下のような表示に変わります。
アイコンが小さくなっているのがわかると思います。

todayプラグインのdllを書き換える場合は、一度Todayの設定で該当するプラグインを外し、リセットしておかないとdllの上書きが出来ません。

skSSV415を使ってアプリケーションをVGA対応にする

こちらは同様にリソースの追加を行う方法ですが、アプリケーションを使う事で手順を簡略化することが出来ます。

下準備

実際の作業にはいる前に以下の下準備が必要です。

１．PocketPCからVGA化したいプログラムのexeファイルをPCにコピーしておく。

こちらからskSSV415をダウンロードし、解凍してskssv415.exeを実行します。

書き換えたいプログラムを「参照」で指定します。書き換え前のファイルバックアップは取っておいてくれないので、あらかじめどこかに取っておきましょう。

その後「Update」をクリックします。

Updateしますか？に「はい」と答えます。

書き換えちゃったよ、とでたらそれで書き換え終了です。PocketPCにファイルを戻しましょう。

この方法の良い点はとにかく手軽であると言うこと。ファイル選択時にファイル名に*と入れてエンターすると全てのファイルが表示されるので、dllファイルに対してリソースの追加も行えます。

システムごとVGA化する

システムごとVGA化する方法とは、古くは初期のe800の頃から見受けられる方法で、画面を丸ごとVGA化してしまい、そこで立ち上がるアプリケーションは全てVGA表示させてしまうという方法です。
SE_VGAやozVGAなどがこれにあたります。
上下のバーも細くなるので情報を表示するスペースも十分にとれるのが利点ですが、一部アプリケーションで表示が乱れ、ボタンがタップできなくなったりするのが欠点だといえます。
あとは・・・表示が細かすぎて文字をみるのがつらいという話も結構あります。

左（又は上）がSE_VGAを使ってVGA化したNetfront3.1、右（又は下）がリソース追加でVGA化したNetfront3.1。表示できる情報量に差があるのがわかると思います。

SE_VGAを使ってVGA化する

SE_VGAを使ってVGA化すれば、通常の表示からVGA化する事が出来ます。
導入方法は少し面倒で、日本語環境では立ち上がらないようになっています。その為、通常のインストール終了後、こちらからダウンロードしたSE_VGAのexeファイルを日本語環境対応に書き換えたものを上書きする必要があります。

また、SIPがMS標準のものだとアプリケーションの起動に不具合がでるので、こちらなどを参考にしてHappyTappingKeyboardなどを導入し、標準のSIPに設定しておきましょう。

まずこちらからzipファイルをダウンロード。解凍して「SE_VGA_EN - ARMV4」 をPocketPC上にコピーします。
次にこちらからSE_VGA_101_411.zipをダウンロード。解凍してSE_VGA.exeを同じくPocketPCにコピーしておきます。

SE_VGA_EN - ARMV4を実行するとインストーラーが走ります。画面に従って次へ進んでいくとインストールが終了します。

ダウンロードしておいたSE_VGA.exeを上書きします。

SE_VGAを起動します。
RealVGAでシステムごとVGA化、Standard SEVGAでOS標準のVGAとなります。
todayのテーマにQVGA用の物を使う場合はQVGAにチェック、VGA世の物を使う場合はVGAにチェックを入れます。

ただし、QVGA用のものを使いまわす場合は上下が少しずれます。

上に3mm程度ずれ、下からその3mmがでてくるような感じになります。 （上のR2D2の壁紙、下に細い黒い線が見えますが、これがズレの部分です）

ozVGAを使ったVGA化

ozVGAはSE_VGAに比べて設定できる項目が多いのが特徴だと言えます。

ただし、まだ開発途上で、cabファイル等にまとまっていないため、インストール等は各人手作業で行う必要があります。
こちらからOzVGA053.zipとVgaRes.zipをダウンロードしてそれぞれ解凍。

VgaRes.zipの中身をWindowsフォルダ以下にコピーし、OzVGA.exeをPocketPCのどこかにコピーします。

実行するとこういう画面が表示されます。Settingsで設定し、ozVGA!でVGA化します。

設定項目はこのように、MenuとBarのフォントの大きさ、ボールドをかけるかどうか、システムフォントのサイズ、スクロールバーの太さなどを設定できます。他にもRegustryやFilesなどの設定もあるようですが、イマイチよくわかりません。

ちなみにデフォルトの状態でVGA化したものが以下。

ozVGAでVGA化

SE_VGAでVGA化

ozVGAの方が大きくて見やすいですね。

感想

色々とVGA化の方法がありますが、自分にあった方法を選んで活用しましょう。
ただし、どの方法も自己責任でお願いします。

VGA化の手順が紹介している他のサイト

tk-blogさん、居候で候さん