AtokPocketがPocket PCでも使えるか、疑問だったので試してみました。
導入方法はここを参照して下さい。

こういうエラーメッセージ等が出るのですが、気にせず導入しましょう。
あとは修正用のパッチも導入しておきましょう。
パッチを導入する際にはコントロールパネルで「ATokPocketを試用する」のチェックを一旦外して再起動しておく必要があります。

パッチの導入が済んだら、またコントロールパネルで「ATokPocketを試用する」のチェックをチェックしておきます。
これで導入は完了です。
色々と制限事項が多いですが、とりあえず使ってみましょう。

【AtokPocket】

導入が済むとToday画面にAtokPocketのアイコンが常駐します。
アイコンをタップするとメニューがポップアップします。
うまくメニューがポップアップしない場合は、エディタを起動し、起動したままToday画面を表示するとうまく行きます。

この状態で日本語入力をオンにするとアイコンが変わります。
残念ながらAtokPocketのソフトウェアキーボードは使えないので、 この状態でMSIMEのソフトウェアキーボードを使って入力することになります。
また「漢字入力」の「ローマ字入力」 は何度選択しても「カナ漢字入力」に戻ってしまいます。
多分レジストリの記入がうまく行ってないのだろうと思います。（汗）

で、ローマ字入力が行えないので、ローマ字キーボードではそのまま英語が入ってしまい使えないみたいです。（汗）
「かな」に変えても英語が入ります。

カナ入力のソフトウェアキーボードなら日本語入力に使えるのですが、これはこれで変換する文節の長さを変更できないので、使い勝手が悪いです。（←→を使うと変換する文節の候補が変わるだけで、長さの変更は出来ません）

また、手書き入力も利用できますが、こちらも制限が多いです。
まず、誤認識したときにその文字の直前をタップして、他の候補を選択する、という入力方法が使えません。
なので、誤認識されると「←BS」等で一旦削除して入力し直さないといけません。
また、カナ入力のキーボードと同じく 変換する文節の長さを変えることが出来ないので「長文をまとめて入力して、一気に変換する」という使い方には向かないようです。

というわけで、AtokPocketについては、利用は出来るが使い物にならない、という状況ですね。
HPC用のものを無理に使おうとしているので、当たり前といえば当たり前のことです。

【それでも使いたいという人のために】

（いないとは思いますが）それでもAtokPocketを使いたい！という人のために。
辞書ファイルの移動しかたを記述しておきます。
HPCではシステム辞書をCFメモリに移すというのは一般的な方法なのですが、Pocket PCではなかなか簡単にはいきません。
というのも、AtokPocketのプロパティ画面でのシステム辞書へのパスを入力する欄ではソフトウェアキーボードが起動しないので、入力する方法が無いからです。
外付けキーボードを使ったり、他のアプリケーションを利用すれば出来るのかもしれませんが標準では入力する方法がありません。

というわけで、私はGSFinderとPQBoxのクリップボード監視機能を使って入力しました。

まずATOKP.DICというファイルをCFやSDメモリに移動し、GSFinderの「パスをコピー」機能を使ってパスをコピーします。
次にPQBoxのクリップボード監視機能を使って、コピーしたパスをAtokPocketのシステム辞書のパスに入力します。

これで、リセットすれば、メモリカード上のシステム辞書を見に行きます。
私はGENIOeのSDメモリ上に移したのですが、読み込みに時間がかかるようになってしまいました。（汗）

個人的見解としては、Pocket PC対応版が出るのを待つ、というのが一番だと思います。
この状態ではイマイチ使えないですね。