簡単で効果的な設定はsmalltweakで良いのですが、少し凝った設定をしようとすると、レジストリをいじる必要があります。
レジストリというのは設定ファイルのことです。

ただし、 設定を間違えると最悪CEが起動しなくなります。
そうなるとレジストリの書き出しなどを行っていても戻すことが不可能になります。
レジストリをいじる場合は、必ずバックアップ用ソフトでフルバックアップを取って下さい。

【TascalRegEdit】

レジストリエディタとして有名所にTascalRegEditがあります。
SH4とARM版はここから、SH3版はここからダウンロード可能です。

【REQ】

TascalRegEdit以外に個人的お勧めレジストリエディタはこのREQです。
Qtaさん作成のこのエディタの特徴は、便利な検索機能です。
通常のレジストリエディタは検索機能がない、もしくはあっても候補に一つ一つフォーカスを会わせていくタイプで非常に使いづらいです。

しかし、このREQは検索するとその候補を一覧で表示してくれます。
非常に便利で効率的です。