PocketPC2002ではクリアタイプを使う事が出来るらしいのですが、GENIOeでは設定する所が見つかりませんでした。 どうやらRegkingというツールを入れれば設定出来るようなのですが、何度か試してもうまく入りませんでした。
で、レジストリをいじれば出来るとの事なので色々調べた結果該当するエントリを見つけたので掲載します。

\HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Shell\

にあるClearTypeという値が初期値では

0X00000000

となっているので

0X00000001

に変更すればOSでクリアタイプテキストを利用可能になります。

ただ、全てに効いているわけでは無いようですね。
クリアタイプが効いているのは、私が試してみたところでは以下のアプリケーションはクリアタイプになっていました。

【メモ帳】

【受信トレイ】

【fexploler】

【PocketWord】

【予定表、連絡先、仕事】

あとはメニューの部分ぐらいでしょうか。
その他のアプリケーションに付いては、どうやらOSの機能を利用している部分はクリアタイプになるようです。

例えばGSFinderなどはクリアタイプになります。

ただし、この変更ではPIEはクリアタイプにはならないうようです。